本发明公开了一种酸味西瓜的选育方法,包括以下步骤:1)、以栽培西瓜自交系203Z为轮回亲本,以非洲野生西瓜PI271769为供体亲本连续回交至获得酸味株系;2)、以1)中获得的酸味株系为母本,每世代选留5个高糖高酸株系,继续与203Z回交至获得具有酸味品质的优良株系;3)、再连续自交至具有独特酸味的纯合203Z近等基因系。本发明获得的酸味西瓜大部分性状与203Z无异,果实近球形,果皮浅绿色,附深绿色窄齿条,果肉粉红色,瓤质酥脆,含糖量11.5%左右,但果实有机酸含量高,苹果酸含量13.75mg/g,柠檬酸含量1.53mg/g,PH值4.49,酸甜可口,风味独特。高酸含量性状遗传稳定,不易受环境影响,可满足不同地理区域栽培要求,具有广阔的市场前景。